正直使いドコロの難しい技ではありますが、vagrantのプラグインはgemを引っ張ってきてるだけなので、

vagrant plugin install dotenv

ってやれば、vagrantでdotenvを使えるようになり、.envにトークンとか書いておけば、vagrant upした時とかに反映されます。 Vagrantfileの中に

require 'dotenv'
Dotenv.load

を書けば、.envの中身が反映されて便利なり。

結論

状況次第ではありますが、ぶっちゃけdirenvの方が便利だと思います。